Prapředkové Malajců (Orang Asli) začali na Malajský poloostrov přicházet z jihozápadní Číny přibližně před 10 000 lety. Poloostrov se dostal ještě před příchodem Číňanů (1405) postupně pod nadvládu říše Funan (Kambodža), Srivijaya (Sumatra) a Majapahit (Jáva). Bohatství Melaky začalo přitahovat evropské mocnosti, a tak v roce 1511 převzali vládu Portugalci, v roce 1641 je následovali Dánové. Britové založili v Penangu v roce 1786 prosperující přístav a Melaku ovládli v roce 1795. Britové obchodovali s kořením a vnitrozemí poloostrova kolonizovali, až když zde byla objevena naleziště cínu. Východní Malajsie se dostala do britských rukou díky dobrodruhovi jménem Sir James Brooke (v roce 1841 byl jmenován vůdcem Sarawaku poté, co potlačil povstání proti bruneiskému sultánovi) a díky společnosti North Borneo Company (ta spravovala Sabah od roku 1882). V průběhu 19. století se postupně kousek po kousku vytvářela Malajská federace. Poslední
kousek zapadl do malajské mozaiky poté, co Británie převzala po 2. světové válce formální vládu nad Sabahem i Sarawakem. Mezi domorodými obyvateli nebylo možné sehnat dostatek pracovních sil pro potřeby rozvíjejícího se kaučukového a rudného průmyslu, proto Britové přivezli do země velký počet Indů, čímž podstatně změnili rasové složení obyvatel poloostrova. V době 2. světové války napadli Malajsko Japonci. Komunistické guerilly, které bojovaly proti japonským okupantům, začaly po válce v roce 1948 organizovat ozbrojené útoky proti britské nadvládě a v roce 1957 dosáhlo Malajsko nezávislosti.
Sabah, Sarawak a Singapur společně s Malajskem založili v roce 1963 Malajsii, o dva roky později však Singapur z této konfederace vystoupil. Proti vytvoření Malajsie byly jak Filipíny tak Indonésie, protože obě země si činily na Východní Malajsii územní nároky. Napětí vzrostlo v roce 1963 během konfrontace s Indonésií, kdy její vojenské jednotky překročily malajské hranice, byly však zahnány malajskými a britskými jednotkami. V roce 1969 došlo k násilnostem mezi Malajci a Číňany, ačkoli do té doby žily obě etnické skupiny vedle sebe v relativním klidu. United Malays National Organization
(UMNO) začala působit od roku 1974. Premiér Dr Mahathir Mohamad, který toužil prosadit se na světové scéně jako panasijský vůdce, vládl v době ekonomického boomu až do roku 1997, kdy propadající se asijské měny strhly malajský ringit s sebou. V září 1998 hostila země sportovní hry Britského společenství národů. Závodění šlo však stranou, když studenti i další občané protestovali proti nespravedlivému odvolání a následnému uvěznění Anwara Ibrahima, náměstka ministra. Pokračující pouliční demonstrace požadující rezignaci Dr Matahira Mohamada silně narušily reputaci Malajsie jako jedné z politicky nejstabilnějších zemí Jihovýchodní Asie. S příchodem 21. století se situace postupně uklidňovala, sociální nepokoje se vytratily a malajská ekonomika se opět začala vracet do hry. Dr Mahathir Mohamad zůstal kontroverzní postavou až do konce. Před svou rezignací v říjnu 2003, tj. po 20 letech působení ve funkci, ve svém projevu na shromáždění islámských zemí konajícím se v Malajsii tyto země vyzval, aby se sjednotily proti údajnému celosvětovému židovskému spiknutí.