Předpokládá se, že první obyvatelé indonéských
ostrovů pocházeli z Indie nebo Barmy. V roce 1890 byly na Jávě objeveny
kosterní pozůstatky tzv. “Javánského člověka”, jejichž stáří bylo odhadnuto
téměř na milion let. Trvalé osídlení dnešní Indonésie je časováno do období
kolem 3000 let před n.l., kdy zde přicházeli migranti z jižní Číny a jihovýchodní
Asie.
První migranti z Indie přišli do Indonésie na počátku našeho letopočtu. Do
konce 7. století vyrostla na Sumatře mocná buddhistická říše Srivijaya ovládající
v té době celou oblast jihovýchodní Asie. Na Jávě vznikala hinduistické království,
jako Mataram v 7. století nebo Cailendra v 8. století. Království Srivijaya se
rozpadlo koncem 13. století, kdy moc převzalo království Majapahit. To rozšířilo
svou moc až k severními Vietnamu a Filipínám.
Od 14. století začali do Indonésie pronikat Arabové a šířit zde islám. Centrem
muslimského impéria se stala Melaka na Malajském poloostrově. Významným islámským
městem byl i Demak na Jávě, odkud se Islám rozšířil i na Sulawesi, Borneo a na přilehlé
ostrovy. Arabský vliv byl počátkem 16. století narušen příchodem Portugalců. Ty začali
od roku 1596 vytlačovat Holanďani a Portugalsku nakonec zůstalo pouze území Východního
Timoru. Indonésie se stala nejvýznamnější holandskou kolonií a holandská Východoindická
společnost založená v Batavii (dnešní Jakarta) v roce 1602 zcela ovládala
světový obchod s kořením až do poloviny 18. století a ovlivňovala celkový
chod Indonésie.
V průběhu 19. století došlo k několika povstáním proti holandské nadvládě.
Byla však neúspěšná a v důsledku toho se počátkem 20. století začalo stále silněji
prosazovat nacionalistické hnutí. Vznikaly nové strany a organizace usilující o nezávislost
Indonésie. Během 2. světové války obsadili Indonésii Japonci. Po ukončení války
se už Holandsku koloniální nadvládu obnovit nepodařilo.
V roce 1945 byla vytvořena Indonéská republika a v roce 1949 byla mezinárodně
uznána její nezávislost. Prvním prezidentem se stal v roce 1945 Ahmed Sukarno,
zakladatel Nacionální strany Indonésie. Vládl do roku 1965, kdy se jej snažila
svrhnout indonéská komunistická strana. Došlo k vojenskému puči a prezident byl
přinucen předat moc do rukou generála Suharta. Ten se stal v roce 1967 prezidentem
a zavedl v zemi tuhý vojensko-politický režim. Indonésie se dostala do mezinárodní
politické izolace, k čemuž přispělo i násilné obsazení Východního Timoru v roce
1975. Mezinárodní izolace se však časem stala pro zemi neúnosnou a generál Suharto
musel svou politiku změnit, zahájil spolupráci s okolními zeměmi a na počátku
80. let se rozhodl otevřít svou zemi cestovnímu ruchu. Indonésie tak zažívá
ekonomický boom a řadí se k ostatním tzv. “asijským tygrům”.
V důsledku asijské ekonomické krize v letech 1997-1998 je otřeseno i indonéské
hospodářství, situace v zemi se destabilizuje. Dochází k nepokojům, sílí
nacionalistické hnutí, roste aktivita islámských teroristických skupin. V roce
2001 je již pozice generála Suharta neudržitelná a v prezidentských volbách vítězí
žena Megawati Sukarnoputri, jejím zástupcem se stává Hamzah Haz, vůdce koalice islámských
stran. Vláda nové prezidentky přinesla zemi sociální stabilitu a nový ekonomický růst.
V roce 2002 získává Východní Timor nezávislost a stává se samostatným státem.
Další prezidentské volby se budou konat v roce 2006.