První, neolitické, nálezy v oblasti kolem Hongkongu jsou důkazem osídlení od 4000 let př.n.l. Formálně se tato oblast stala součástí Číny za vlády dynastie Qin ve 3. století př. n. l., kdy byla začleněna do okresu Faniu prefektury Nan-chaj. Později, za vlády dynastie Song, se stala částí okresu Siang-šan (nynější město Čong-šan). Od 5. století byla tato oblast hojně využívána jako zastávka pro odpočinek, občerstvení a doplnění pitné vody při obchodních cestách mezi jihovýchodní Asii a celou jižní oblastí Číny.
Prvními zaznamenanými obyvateli Macaa bylo 50 tisíc přívrženců jižní dynastie Song, kteří zde v roce 1277 hledali útočiště před Mongolskými válečníky, kteří obsadili jejich území. Usadili se ve vesnici Mong Ha na malém poloostrově při ústí Perlové řeky. Mong Ha bylo po dlouhou dobu centrem čínského života v Macau. Později, za dynastie Ming (1368-1644), se sem stěhovali další rybáři převážně z provincií Guangdong a Fujian. V této době byl také postaven A-Ma chrám, kde se rybáři modlili za bezpečí při svých vyjížďkách na moře. Macao pomalu získávalo na významu jako obchodní centrum jižních provincií, ačkoliv zásadního vývoje a rozkvětu se tato oblast dočkala až v 16. století po přistání Portugalských námořníků. Portugalci podplatili v roce 1553 místní vládní úředníky v Kuang-tungu a získali povolení kotvit v přístavu Macao a obchodovat. V roce 1557 se začali usazovat v okolí a založili první stálou osadu. Portugalci navázali obchodní spojení s Japonskem, stejně jako s Indií a Malajskem a ocitli se tak v lukrativní pozici překupníků všech kupců v celé rozsáhlé oblasti východní Asie. Jejich obchod prosperoval a Macao neuvěřitelně zbohatlo. S portugalskými obchodníky sem dorazilo také křesťanství a bylo postaveno řada luxusních domů a církevních staveb, které byly v Macau postaveny během krátkého, půl století trvajícího období prosperity. V roce 1670 dostali Portugalci Macao do pronájmu. Během celého 17. století proběhlo několik neúspěšných pokusů o obsazení Macaa holandskými námořníky. Počátkem 17. století se ale začaly příjmy Macaa ztenčovat spolu s tím, jak upadala moc Portugalska jako námořní velmoci. Úpadek krátce přerušilo období, kdy se Macao stalo základnou evropských obchodníků, kteří se pokoušeli v 18. století silou otevřít uzamčené dveře do Číny. V období po l. opiové válce roku 1840 Portugalci využili slabosti vlády dynastie Čching a zmocnili se sousedních ostrovů Taipa a Coloane. Když se Britové v roce 1841 zmocnili Hongkongu, byl status Macaa jako zapadákova v úpadku zpečetěn. I přes zavedení licencovaného hazardu v roce 1847 jako způsobu zabezpečení alespoň nějakých příjmů se veškerý obchod přesunul do Hongkongu.
V roce 1887 donutila portugalská vláda dynastii Čchingů, aby podepsali návrh smlouvy o čínsko-portugalském setkání a následně poté v Pekingu čínsko-portugalskou smlouvu, která ustanovovala, že „Portugalsko bude spravovat Macao a přilehlé oblasti na věky jako kterékoliv jiné jimi ovládané území“. Od té doby Portugalsko okupovalo Macao.
Výsledkem dlouhodobého úsilí vlády ČLR o změnu tohoto stavu bylo v roce 1987 parafování společného čínsko-portugalského prohlášení o tom, že 20. prosince 1999 obnoví ČLR svou suverenitu nad Macaem a Macao, které bylo více než čtyři století pod správou Portugalska, se v roce 1999 stalo opět součástí Číny. Čínská vláda to uskutečnila obdobně jako v případě Hongkongu, také zde uplatňuje principy „jedna země, dva systémy“, „správa Macaa obyvateli Macaa“ a „vysoký stupeň autonomie“, a to bez jakéhokoli odporu, skutečnost je totiž taková, že Macao potřebuje pevninu ke svému přežití mnohem více než Hongkong.
Až po předání Macaa byla potlačena široce rozšířená zločinnost gangů a v roce 2002 byl ukončen monopol na licence kasin, který předtím vlastnil místní miliardář doktor Stanley Ho, a tím se tento lukrativní trh otevřel. Reakce byla rychlá a dnes je v Macau celá řada kasin, roste turismus a dlouho stagnující ekonomika začala růst.